O II CNEF recebe o apoio da CAPES (Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior).

A CAPES é reconhecida como órgão responsável pela elaboração do Plano Nacional de Pós-Graduação Stricto Sensu, em 1981, pelo Decreto nº 86.791. É também reconhecida como Agência Executiva do Ministério da Educação e Cultura junto ao sistema nacional de Ciência e Tecnologia, cabendo-lhe elaborar, avaliar, acompanhar e coordenar as atividades relativas ao ensino superior.